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De Silex Wiki.

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Système d’ Information pour LEXpérimentation 

Les données sont une richesse, elles constituent un maillon essentiel de la production scientifique dans un contexte de recherche de plus en plus collaboratif. L'objectif de SILEX est de proposer des méthodes et des outils pour permettre une exploitation efficace et une bonne mutualisation des données en agronomie et environnement.

SILEX est un meta-projet collaboratif porté par l'UMR MISTEA et impliquant une équipe de développement issue d'unités partenaires avec pour thèmes le phenotypage de plantes, les bio-procédés et la viticulture. SILEX est constitué de composants logiciels mutualisés, de modèles et d'outils. SILEX aborde plusieurs aspects : mesures en-ligne, mesures hors-ligne, architecture, modèles de données et de connaissances, accès Web et traitements statistiques. Le groupe de travail associé à ce projet, se réunit toutes les semaines.

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Sommaire

Modules SILEX

  • REX (Right for EXpériments) : librairie PHP de gestion des droits d'accès à des objets (expérience, projet, génotype, etc.)
  • G4EX (Graphic for EXpériments) : librairie PHP utilisant HighStock pour la création de graphique dynamique et interactif (cinétique de croissance, météo, etc.), d'annotation et d'exportation.
  • MHL (Mesure Hors-Ligne) : librairie PHP d'acquisition via fichiers Excel de mesures hors-ligne.
  • VerySimpleR-PHP : module composé d'exemples d'appel au langage R via PHP.
  • QueryingWS : Web Services (Java, GlassFish) permettant d'interroger par des requêtes SparQL un graph RDF. L'utilisateur peut au choix utiliser les moteurs d'inférences Corese et Jena. Accès restreint.

Ontologies

Plusieurs ontologies sont développées dans le cadre de SILEX. Celles-ci sont génériques de manière à favoriser l'interaction avec d'autres ontologies.

  • Expérience/Projet : ontologie permettant la description d'expérimentation et de projet de recherche dans le cadre d'instituts ou de laboratoires de recherche.
  • FoodProcess (projet EU CAFE) : description et raisonnnement de procédés alimentaire (fermentation alcoolique, lyophilisation, etc.).
  • FoodTraceability (projet EU CAFE - SG4T) : ontologie permettant le raisonnement à travers un graphe de traçabilité alimentaire (graphe des lots, des responsabilités, etc.).
  • MultiEchelle : raisonnement multi-échelle (domaine, parcelle, plante, gene...)
  • WineTraceability : ontologies de description d'objets viticoles et description/raisonnement parcours de vinification (thèse en cours)


Développements

Frameworks :

Librairies d'interêts :

Web Services :

Triple Store :

  • Sesame

Outil d'intégration continue :

Java

Charte de développement

  • Droit et licences :

Afin de garantir la pérennité de la licence choisie, nous vous demandons de faire attention aux bouts de code, librairies et autres composants exogènes que vous pourriez inclure dans votre développement. Vous devez absolument vérifier les licences d'utilisation et ne choisir que les composants sous : BSD (et plutôt la BSD2), MIT, L-GPL, Cecill-C et Cecill-B. Pour toute autre licence, vous devez demander l'autorisation à Pascal Neveu ou Anne Tireau."

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