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find number of Ns in each sequence from a fasta file

Type:
Scripts complets
Category:
Autre
License:
GNU General Public License
Language:
Python
 
Description:
Input : one argument : fasta file name
Output : one line per sequence with sequence name and number of Ns

Versions de cet échantillon

Numéro d'identification de l'échantillon Téléchargement Date d'envoi Auteur Effacer
10.125/02/2011 12:08Christophe Klopp

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Dernière version d'échantillon : 0.1

from Bio import SeqIO import sys import string # arguments # 1 : the fasta file name # processing fasta sequences handle = open(sys.argv[1]) for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") : print seq_record.name+"\t"+str(seq_record.seq.tostring().lower().count("n")) handle.close()

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